Skeletal muscle specific signalling pathways

Данные по по изменению генной экспрессии в скелетных мышцах крысы (CAGE) - исследования с вывешиванием крыс за хвост в течение 7 дней и последующим периодом реадаптации (7 дней) к нормальному уровню двигательной активности (моделирование эффектов резкого снижения мышечной активности и последующей реадаптации). Для детальной оценки динамики молекулярных изменений было проведено взятие образцов мышц (m. soleus и m. extensor digitorum longus) через 12 ч, 24 ч, 3 суток и 7 суток после начала мышечной разгрузки и начала реадаптации к нормальному уровню двигательной активности.

Выделение скоординировано регулируемых групп генов (кластеров) в скелетных мышцах крыс при атрофической разгрузке и реадаптации

Кластеры скоординированно регулируемых генов определялись по экспрессии их промоторов при помощи алгоритма “китайского ресторана” (Qin, 2006), реализованного в платформе BioUML.

Данные по каждому типу мышц (m. soleus и m. extensor digitorum longus) анализировали независимо.

В результате было выделено по 15 кластеров скоординированно регулируемых генов (табл. 1.3). Для получения статистически значимых результатов в анализ включали кластеры размером не менее 100 генов.

Выделение ключевых молекул: мастер-регуляторов генной экспрессии

На следующем этапе работы были идентифицированы мастер-регуляторы, регулирующие активацию выявленных сигнальных путей в скелетных мышцах при разгрузке и при реадаптации к нормальному уровню двигательной активности (табл. 1.4). Для этого был применен метод поиска сигнальных молекул - мастер-регуляторов (Koschmann et al., 2015), как было описано выше.