Difference between revisions of "Skeletal muscle specific signalling pathways"
| Line 7: | Line 7: | ||
В результате было выделено по 15 кластеров скоординированно регулируемых генов (табл. [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HVFyQMhkqD4O79QVm6VImcsGKFvs2h04sSMjquNAJ94/edit?usp=sharing 1.3]). Для получения статистически значимых результатов в анализ включали кластеры размером не менее 100 генов. | В результате было выделено по 15 кластеров скоординированно регулируемых генов (табл. [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HVFyQMhkqD4O79QVm6VImcsGKFvs2h04sSMjquNAJ94/edit?usp=sharing 1.3]). Для получения статистически значимых результатов в анализ включали кластеры размером не менее 100 генов. | ||
| + | |||
| + | ==Выделение ключевых молекул: мастер-регуляторов генной экспрессии== | ||
| + | На следующем этапе работы были идентифицированы мастер-регуляторы, регулирующие активацию выявленных сигнальных путей в скелетных мышцах при разгрузке и при реадаптации к нормальному уровню двигательной активности (табл. [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1E5ThKF46_xfoObgIda4ZzeG-oAWwKglQgRZwSIsKDoU/edit?usp=sharing 1.4]). Для этого был применен метод поиска сигнальных молекул - мастер-регуляторов (Koschmann et al., 2015), как было описано выше. | ||
Revision as of 13:46, 5 March 2021
Данные по по изменению генной экспрессии в скелетных мышцах крысы (CAGE) - исследования с вывешиванием крыс за хвост в течение 7 дней и последующим периодом реадаптации (7 дней) к нормальному уровню двигательной активности (моделирование эффектов резкого снижения мышечной активности и последующей реадаптации). Для детальной оценки динамики молекулярных изменений было проведено взятие образцов мышц (m. soleus и m. extensor digitorum longus) через 12 ч, 24 ч, 3 суток и 7 суток после начала мышечной разгрузки и начала реадаптации к нормальному уровню двигательной активности.
Выделение скоординировано регулируемых групп генов (кластеров) в скелетных мышцах крыс при атрофической разгрузке и реадаптации
Кластеры скоординированно регулируемых генов определялись по экспрессии их промоторов при помощи алгоритма “китайского ресторана” (Qin, 2006), реализованного в платформе BioUML.
Данные по каждому типу мышц (m. soleus и m. extensor digitorum longus) анализировали независимо.
В результате было выделено по 15 кластеров скоординированно регулируемых генов (табл. 1.3). Для получения статистически значимых результатов в анализ включали кластеры размером не менее 100 генов.
Выделение ключевых молекул: мастер-регуляторов генной экспрессии
На следующем этапе работы были идентифицированы мастер-регуляторы, регулирующие активацию выявленных сигнальных путей в скелетных мышцах при разгрузке и при реадаптации к нормальному уровню двигательной активности (табл. 1.4). Для этого был применен метод поиска сигнальных молекул - мастер-регуляторов (Koschmann et al., 2015), как было описано выше.
